Dans le monde étrange et fantastique de Full Metal Alchemist existe une science qui confère à celui qui l'étudie le pouvoir de transformer tout matériaux en une autre matières au moyen d'une transmutation. Cette science est appelée l'Alchimie. Edward et Alphonse Elric, fils d'un alchimiste de talent, étudient tout deux l'alchimie pour suivre la voix de leur père. Ils étudient tellement , que très vite ils deviennent de véritables génies en la matière, malgré leur jeune age. Avec l'alchimie tout semble possible, il est aisé de réparer n'importe quoi, ou de faire apparaitre nos moindres désirs avec de la simple terre. Si bien que lorsque la mère de nos deux jeunes prodiges vient à mourir, ces derniers étudient avec encore plus d'acharnemment, dans le seul et unique but de ramener leur tendre mère à la vie. Seulemment, en tentant une transmutation humaine, il enfreignent la seule règle de l'alchimie : la loi de l'équivalence. "Pour chaque chose obtenue, il faut sacrifier quelque chose en retour." Et l'âme humaine n'a malheureusemment pas d'équivalence sur terre. Il est impossible de trouver quelques chose qui la valeur d'une âme. La transmutation tourne au désastre, et le corps d'Alphonse disparait, ainsi que le bras et la jambe d'Edward. Edward réeussi heureusemment en derniere minute à attacher l'âme de son frêre dans une armure et lui sauve ainsi la vie. Désormais contraints à accepter leur destin et la mort de leur mère, Edward et Alphonse traverseront le monde afin de trouver la pierre philosophale, qui confère aux alchimiste un pouvoir extraordinaire, ceci dans le seul but de retrouver leurs corps d'origine.