Kenshin Himura, au commencemment de l'ère Meiji au Japon, est un vagabond voyageant de ville en ville armée d'un sabre assez spécial: un sabre à lame inversée. Avec une arme comme celle-ci, il lui est impossible de tuer qui que ce soit... Mais derriere ce vagabond à l'aspect pacifique se cache un lourd passé. En effet, Kenshin Himura, est en réalité Battosai l'assassin, surnom qu'il a hérité au cours de la guerre civile précdent l'ère Meiji, du à ses nombreuses victimes en tant que patriote. Aujourd'hui, Battosai l'assassin a disparu sans laisser de trace, pour laisser place à Kenshin Himura, qui, par opposition à son passé d'assassin, se bat pour défendre les gens auqul il tient, et se refusant de tuer qui que ce soit, bon ou mauvais. Cette histoire racontre donc les aventures de Kenshin, expert en sabre, qui sera amené à se battre à nouveau pour protéger la paix de l'ère Meiji.